Filippo Mazzoli nació en Ravenna, Italia, y se formó bajo la guía de Gabriella Melli y Massimo Mercelli. Muy joven, tuvo la suerte de conocer al Maestro Glauco Cambursano, una de las históricas flautas del Teatro «La Scala» de Milan, y se convirtió en su alumno después de ganar varias becas. Al mismo tiempo asistió y se graduó con honores en flauta y música de cámara en la Academia Internacional «Incontri col Maestro» en Imola (Bolonia) estudiando con Andras Adorjan, Maxence Larrieu, Aurèle Nicolet, Alexander Lonquich y Pier Narciso Masi, entre otros.
Continuó sus estudios en Florencia bajo la guía del maestro Michele Marasco, del cual también fue partner musical, así como colaborador y asistente en algunos cursos y clases magistrales. Finalmente terminó sus estudios graduándose con honores («Sobresaliente») en flauta (interpretación) en el Conservatorio Superior del «Liceu» en Barcelona.
Ha sido ganador de varios premios en concursos nacionales y internacionales, tanto como solista como en música de cámara. Seleccionado en audiciones para orquestas y concursos públicos, colabora regularmente como primera flauta con varios conjuntos de cámara y orquestas, incluida la Orquesta del Teatro Comunale de Bolonia, la Orquesta del Maggio Musicale Fiorentino y la Orquesta Sinfonica «Verdi” De Milán.
Fue primera flauta solista de la Orquesta del Teatro Regio de Parma (director musical Y. Temirkanov) hasta su disolución en 2015. Durante su carrera ha tocado como solista, músico de cámara y primera flauta en orquesta en algunas de las salas principales y festivales de todo el mundo.
Desde 2011 es miembro del quinteto de viento francés «Anemos» de París. Para este conjunto ha realizado varios arreglos, muchos de los cuales han sido publicados en Alemania en las ediciones Impronta de Mannheim. Ha grabado varios CD y DVD como solista, músico de cámara y primera flauta en orquesta.
Instrumentalista versátil y amante de la música contemporánea, ha realizado varios estrenos de compositores que escribieron para él. Desde 2017 es primera flauta de la Umbria Jazz Orchestra de Perugia, y tiene la oportunidad de colaborar con importantes músicos de jazz como Uri Caine, Wayne Shorter, John Patitucci, Paolo Fresu, Gil Goldstein, Vince Mendoza y Gregory Porter. Se dedica a la docencia colaborando con diversas instituciones musicales, entre las cuales los Conservatorios Superiores de música «G. Verdi» de Como, “G. Frescobaldi» de Ferrara y «G. Lettimi» de Rimini, el Instituto Musical «Vassura-Baroncini» de Imola y la Escuela de Música «Mikrokosmos» de Ravenna. Es profesor principal en los cursos de alta especialización «Flauto &Variazioni» en Ferrara y en el «Rodi Summer Music» en Rodi Garganico. Ha sido miembro del jurado en varias audiciones y concursos.